Raziskovalne dejavnosti NLZOH segajo tudi na področje mikrobiote. Pri raziskovanju črevesne mikrobiote dr. Maja Rupnik ugotavlja, da nanjo močno vpliva naša prehrana in da se mikrobiota močno razlikuje od posameznika do posameznika.
Mikroorganizmi v našem črevesju in tudi drugod po telesu (na koži, v sečilih, dihalih) so povezani v kompleksno skupnost, ki ji pravimo mikrobiota. Kjerkoli mikrobiota je, tam skrbi za pravilno delovanje tega organa in trenira imunski sistem na tistem delu.
V črevesju se nahaja kar 90 % celotnega imunskega sistema, zato je pomembno, da ohranjamo naš imunski sistem v črevesju zdrav, da se lahko bori proti tujim bakterijam, ki nam lahko škodijo. Te ‘koristne’ bakterije so izredno pomembne za naše vsesplošno zdravje, za procese prebave in presnove. Da se bakterije dobro počutijo, jim moramo zagotoviti dovolj hrane in jim omogočiti dobro okolje, pravo temperaturo, stopnjo kislosti idr.. Ko jemo, hranimo dva organizma – nas in črevesne bakterije. Zato je pomembno, da je hrana raznolika, lokalno pridelana, da vsebuje veliko vlaknin in da uživamo čim manj predelane hrane, ki dokazano povzroča veliko škode naši mikrobioti. Konzerevirana in predelana hrana namreč vsebuje snovi, ki bakterije uničujejo in s tem zaščitijo propadanje hrane. Vendar pa z zaužitjem take hrane uničujemo tudi bakterije v nas, ki jih (za zdravje) potrebujemo.
Znanstveniki prav tako ugotavljajo, da je zelo pomembna možgansko-črevesna os, saj črevesne bakterije vplivajo na to, ali smo veseli, žalostni, ali nas je strah, ali se lažje učimo. Molekule, ki jih izločajo bakterije, so zelo podobne tistim, ki jih živci uporabljajo za komunikacijo, ali pa so zelo podobne hormonom.
Na našo mikrobioto tako močno vpliva prehrana, a se lahko poruši tudi zaradi stresa, potovanja, diete, antibiotikov. Takrat nam pri vzpostavljanju vnovičnega ravnovesja v črevesni mikrobioti lahko pomagajo probiotiki. Študije kažejo, da so to lahko probiotiki, ki vsebujejo samo eno ali dve bakteriji, čeprav bi logično pričakovali, da so še boljši tisti, ki vsebujejo zelo veliko raznovrstnih bakterij. Dr. Maja Rupnik poudarja: »Probiotiki niso bonbončki in nenehno jemanje probiotikov ni najkoristnejše. Tako namreč dobivamo v naše telo veliko število mikroorganizmov, ki so nam po svoje tuji.« In dodaja, da lahko veliko naredimo že preventivno: »Ko jemo, hranimo sebe in svoje bakterije, zato moramo uživati čim bolj pestro in raznoliko hrano.«
Študija, opravljena v Sloveniji s 180 prostovoljci, pri katerih so gledali mikrobioto, je pokazala, da je imel posameznik povprečno v telesu 150 bakterij. Le 9 enakih bakterij in eno glivo pa so našli pri vseh. Previdiva se, da so to zelo pomembni organizmi. Rezultat študije je tudi pokazal, da se črevesna mikrobiota močno razlikuje od posameznika do posameznika. »Tako lahko rečemo, da je naša črevesna mikrobiota naš prstni odtis,« pojasni dr. Rupnikova.