Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 10. maja 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 7677 vzorcev in ob tem zabeležili 51 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu.
Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V Sloveniji izrazito prevladuje angleška različica B.1.1.7, ki je izpodrinila vse ostale različice.

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Najbolj spremljane različice so označene z rdečo (drug seštevanec predstavlja število vzorcev, ki jih je sekvenciral IMI, število v oklepaju predstavlja vrednost v prejšnjem tednu).
Prirast angleške različice je slabih 1000 primerov v primerjavi s prejšnjim tednom. Novih primerov brazilske, nigerijske ter različice B.1.1.318 v obdobju od 25. 4. do 2. 5. 2021 v NLZOH nismo potrdili, potrdili pa smo en primer južno afriške različice B.1.351. Na IMI so potrdili prvi primer indijske različice B.1.617.2 (vzorec sicer vzet že 20. aprila) ter en primer B.1.1.318.

Angleško različico (B.1.1.7, imenovana tudi VOC 202012/01 ali 501Y.V1) smo do sedaj zaznali v 3167 vzorcih, skupaj z IMI v 6435 vzorcih.
Južnoafriško različico (B.1.351, imenovana tudi VOC 501Y.V2 ali 501Y.V2) smo do sedaj skupaj z IMI zaznali 29 primerih.
Brazilsko različico (P.1, 484K.V2 ali B.1.1.28), smo do zdaj potrdili pri dveh osebah.
Različico B.1.525 (imenovana tudi G/484K.V3)  smo skupaj z IMI do sedaj zaznali pri 48 osebah.
Različico B.1.1.318 smo do sedaj, skupaj z IMI, zaznali v 11 primerih.

Indijska različica

Indijsko različico B.1.617.2 (VOC-21APR-02) definirajo mutacije na genu za protein S: B.1.617.2: T19R, 156-158del, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N.
V Sloveniji imamo en potrjen primer te različice, v svetu pa je prisotna od oktobra lani. Velika Britanija jo je ocenila za najmanj tako nalezljivo, kot je angleška različica, za ostale lastnosti za zdaj ni na voljo dovolj podatkov.

Različice v obdobju od 25. aprila do 2. maja

V zadnjem obdobju sekvenciranja, od 25. 4. do 2. 5. 2021, smo pregledali 343 vzorcev; 235 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 28 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (vključenih najmanj 10 % pozitivnih vzorcev; Shema B), 70 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 10 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 235 vzorci iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev  (shema A) smo dokazali 3 različice virusa SARS-CoV-2. Prevladuje angleška različica B.1.1.7 (97,5 %), največ primerov je iz podravske in savinjske regije; različica B.1.258.17 je prisotna le v 2,1-odstotnem deležu. Potrjen je bil en primer različice B.1.1.

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 327. To obsega 229 primerov iz sheme A, 24 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 64 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter 10 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D). V večini regij je njena prisotnost že 100-odstona, le v jugovzhodni in gorenjski regiji se delež giblje bližje 90 %.  

Različice v odpadnih vodah

Nacionalni inštitut za biologijo, ki spremlja prisotnost različic SARS-CoV-2 v odpadnih vodah, ugotavlja, da je v zadnjih tednih začela različica B.1.1.7 prevladovati v vseh čistilnih napravah, saj je bila v tretjem tednu aprila (od takrat je zadnja meritev) že povsod nad 90 %. V Ljubljani, Domžalah in Kopru je stanje stabilno, padce ugotavljamo v Šaleški dolini in Celju.

Graf spodaj prikazuje prisotnost različic koronavirusa v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Gre za meritev količine virusne RNA v 24-urnih vzorcih odpadnih voda. Za vsako različico koronavirusa je značilnih več mutacij. Za vsako posamezno mutacijo se izmeri, v kolikšnem deležu vzorca je prisotna. Na grafu označene meritve predstavljajo mediano deleža zaznanih mutacij za različico SARS-CoV-2 v odvzetem vzorcu.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.

Tiskovna konferenca Vlade RS 13. maja 2021