V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 10. 10. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 16.054 vzorcev, od tega je bilo 2.816 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 15.843 vzorcev iz leta 2021.
V zadnjem obdobju, od 4. 10. do 10. 10. 2021, smo uspešno posekvencirali 368 vzorcev, 345 iz sheme A, 15 vzorcev iz sheme C (naročilo epidemiologov) ter 8 vzorcev iz sheme D (bolniki na intenzivni negi).
V vzorcih iz sheme A smo potrdili samo delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene pod-linije AY.4 do AY.37; n = 345; 100 %).
Preostalih dveh različic s statusom VOC – različice posebnega pomena (angl. variants of concern), beta (B.1.351) in gama (P.1), v obdobju od 4. 10. do 10. 10. 2021 nismo potrdili.
ECDC je nekaj različic umaknil s seznama različic, ki jih spremljamo (VOC: variants of concern oz. različice posebnega pomena, VUI: variants under investigation – različice, ki jih podrobneje spremljamo, VUM: variants under monitoring – različice pod opazovanjem), med drugim med VOC ne uvršča več različice alfa (B.1.1.7 ).
Med 15.843 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 86 različic virusa SARS-CoV-2.
Alfa različico (B.1.1.7, ECDC jo je umaknil s seznama VOC) smo do sedaj zaznali v 5.111 vzorcih, nove tri primere v zadnjem obdobju sekvenciranja.
Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.
Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.
Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.12, status: VOC) smo potrdili pri 6.072 osebah, 366 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.
Kapa različico (B.1.617.1, ECDC umaknil iz seznama VUI) smo do sedaj potrdili pri eni osebi.
Eta različico (B.1.525, ECDC umaknil iz seznama VUI) smo do sedaj potrdili pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije.
Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v štirih primerih, vsi iz jugovzhodne regije.
Jota različico (B.1.526, ECDC umaknil s seznama VUM), smo potrdili pri petih osebah.
C.36.3 (status: VUI), pretežno evropska linija. Do sedaj smo potrdili 11 primerov. Večina (n=10) primerov je iz obalno-kraške regije, en primer je iz gorenjske statistične regije.
Mu različica (B.1.621,status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.
V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila iz predzadnje serije za NLZOH in IMI ter zadnje serije za NLZOH in IMI.
Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 12.302 primera delta različice in 11 primerov delta+ različice, 10.805 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.
Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.
Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 4. 10. do 10. 10. 2021
Poročilo IMI za teden od 4. 10. do 10. 10. 2021
Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)
V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več
Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.