Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana 1. 1. 2021 do 17. 10. 2021 smo s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 16.517 vzorcev, od tega je bilo 2816 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 16.306 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 11. 10. do 17. 10. 2021, smo uspešno sekvencirali 463 vzorcev, 442 iz sheme A, 12 vzorcev iz sheme C (naročilo epidemiologov) ter 9 vzorce iz sheme D (bolniki na intenzivni negi).

V vzorcih iz sheme A smo potrdili samo delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.4 do AY.41; n = 442; 100 %). V enem vzorcu smo potrdili različico AY.4.2, ki jo podrobneje spremljamo, predvsem zaradi hitrega širjenje v Angliji.  

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v obdobju od 11. 10. do 17. 10. 2021 nismo potrdili.

ECDC je nekaj različic umaknil s seznama različic, ki jih spremljamo (VOC: variants of concern oz. različice posebnega pomenaRazličico alfa (B.1.1.7 in  njene podlinije Q.1 do Q.8) je ECDC umaknil iz seznama VOC (zaradi drastičnega upada števila potrjenih primerov okužbe s to različico v EU/EEA prostoru).

NLZOH: različice skupaj

Med 15.476 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 85 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, ECDC jo je umaknil s seznama VOC) smo do sedaj zaznali v 5.111 vzorcih, nove tri primere v zadnjem obdobju sekvenciranja.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.12, status: VOC) Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti indijske različice spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Kapa različico (B.1.617.1, ECDC umaknil iz seznama VUI) smo do sedaj potrdili pri 1 osebi.  

Eta različico (B.1.525, ECDC umaknil iz seznama VUI) smo do sedaj potrdili pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v 5 primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Jota različico (B.1.526, ECDC umaknil s seznama VUM), smo potrdili pri 5 osebah.

C.36.3 (status: VUI), pretežno evropska linija. Do sedaj smo potrdili 11 primerov. Večina (n=10) primerov je iz obalno-kraške regije, en primer je iz gorenjske statistične regije.

Mu različica (B.1.621,status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili 1 primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila iz predzadnje serije za NLZOH in IMI ter zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 13.696 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 11. 10. do 17. 10. 2021

Poročilo IMI za teden od 11. do 17. 10. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.