Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 27. aprila 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 6504 vzorcev in ob tem zabeležili 51 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Med 6753 analiziranimi vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo zaznali 51 različic virusa SARS-CoV-2. Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v zgornjem grafu.

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Najbolj spremljane različice so označene z rdečo (drug seštevanec predstavlja število vzorcev, ki jih je sekvenciral IMI, število v oklepaju predstavlja vrednost v prejšnjem tednu).

Angleško različico (B.1.1.7, imenovana tudi VOC 202012/01 ali 501Y.V1) smo do sedaj zaznali v 2332 vzorcih, skupaj z IMI v 4579 vzorcih.
Južnoafriško različico (B.1.351, imenovana tudi VOC 501Y.V2 ali 501Y.V2) smo do sedaj skupaj z IMI zaznali 28 primerih. V 8 tednu smo zaznali edini dozdajšnji primer brazilske različice (P.1, 484K.V2 ali B.1.1.28), in sicer pri osebi iz podravske regije. Različico B.1.525 (imenovana tudi G/484K.V3)  smo skupaj z IMI do sedaj zaznali pri 47 osebah. Trenutno ne opažamo naraščanja pojavnosti te različice po času. Različico B.1.1.318 smo do sedaj, skupaj z MII, zaznali v 9 primerih.

Različice v obdobju od 11. do 18. aprila

V zadnjem obdobju sekvenciranja, od 11. 4. do 18. 4. 2021, smo pregledali 347 vzorcev; 256 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 37 vzorcev, ki so bili pozitivnih na presejalnem PCR testu (vključenih najmanj 10 % pozitivnih vzorcev; Shema B), 36 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 18 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 256 vzorci iz sheme A smo dokazali 4 različice virusa SARS-CoV-2 (Tabela 2). V skladu s prejšnjimi tedni poročamo prevlado angleške različice B.1.1.7 (91,3 %), prisotnost B.1.258.17 v manjšem deležu (7,5 %), medtem ko so ostale različice zastopane v manjšini.

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 311. To obsega 234 primerov iz sheme A (Tabela 2 in Graf 1, v prikazih so izvzeti vzorci iz tujine in tisti z neznano lokacijo), 31 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 28 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter 18 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D).

V jugovzhodni regiji smo pri dveh osebah ponovno zaznali različico B.1.1.318, katero smo v isti regiji zaznali pri eni osebi v vzorčnem obdobju 9. Tokrat je v obeh primerih šlo za naročilo epidemiologa. Različico podrobneje spremljamo zaradi prisotnosti kritičnih mutacij P681H in Y144del.

Novih primerov brazilske različice, južno afriške različice ali B.1.525 v obdobju od 11.4. do 18.4.2021 nismo zaznali.

Različice pri bolnikih na enotah intenzivne terapije

Do 18. 4. 2021 smo v sekvenciranje vključili 115 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije EIT (v zadnjem sekvenčnem obdobju 18 vzorcev). Pri 91 bolnikih (79,1 %) smo dokazali prisotnost angleške različice (100 % v zadnjem vzorčnem obdobju), pri 12 vzorcih različico B.1.258.17 (10,4 %), 7 vzorcih različico B.1.1 (6.1 %), medtem ko so ostale različice prisotne v manjšem deležu (tabela 5). Tabela vsebuje združene podatke s 34 vzorci iz KISLD.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.

Tiskovna konferenca Vlade RS 29. aprila 2021