Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 24. 12. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 25.121 vzorcev, od tega je bilo 5.828 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 24.633 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 18. 12. do 24. 12. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 667 vzorcev, 488 vzorcev iz sheme A, 175 vzorec iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) in 7 vzorcev iz sheme D (bolniki, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije).
V vzorcih iz sheme A smo dokazali 2 različici virusa SARS-CoV-2, različico delta (B.1.617.2 ter njene podlinije AY; n = 478, 98,0 %) ter različico omikron (B.1.1.529, ter podlinije BA.1 in BA.2; n = 10, 2,0 %).

Delež različice omikron določen na podlagi sheme A iz rednega sekvenciranja ni reprezentativen, saj sumljive vzorce zelo dobro zazna presejalno testiranje s PCR in jih je večina nato vključenih v potrjevanje z izrednim sekvenciranjem.

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 18. 12. do 24. 12. 2021.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 24.633 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 149 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice delta (n=81) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 14.614 osebah, 615 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D.

Različico omikron (B.1.1.529, ter podlinije BA.1 in BA.2) smo s sekvenciranjem (rednim in izrednim) potrdili pri 301 osebi. Vsi primeri okužbe so bili potrjeni s PCR med 15. 12. in 28. 12. 2021.   

Potrjeni primeri okužb z različico omikron

Posebno pozornost namenjamo različici omikron in v NLZOH različico omikron odkrivamo na dva načina:

• s presejalnim PCR testom za karakteristične mutacije VOC,
• s sekvenciranjem genoma virusa kot dokončni dokaz prisotne različice.

S PCR testi za karakteristične mutacije pregledamo od 70 % do 100 % vzorcev pozitivnih na SARS-CoV-2. Od 13. do 2. 1. 2022 smo s presejalnim PCR testi tako potrdili 1298 primerov z različico omikron, do 5. 1. 2021 pa 2451 primerov. Vse vzorce, pri katerih s PCR potrdimo različico omikron, vključimo tudi v genomsko sekvenciranje.

V spodnji tabeli prikazujemo števila primerov, ki so bili pozitivni s presejalnim PCR testom – 2451 primerov ter število potrjenih s sekvenciranjem – 301 primer.

Povprečna starost oseb, pri katerih je bila s presejalnim PCR testom ugotovljena različica omikron, je 35,8 let. Starostna porazdelitev primerov z različico omikron je prikazana na spodnjem grafu.     

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH. Dodatno je vključeno število potrjenih primerov omikron, ki jih z izrednim sekvenciranjem potrdimo v NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 26.198 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 596 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Posebno pozornost namenjamo različici omikron in v spodnji tabeli prikazujemo števila primerov, ki so bili pozitivni s presejalnim PCR testom. Skupaj 1406 primerov (925 NLZOH in 481 IMI), ki so za dokončno potrditev vključeni še v sekvenciranje.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 18. 12. do 24. 12. 2021

Poročilo IMI za teden od 20. 12. do 26. 12. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.