Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 30. marca 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 4263 vzorcev in ob tem zabeležili 40 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Podatki iz preteklega tedna o različicah SARS-CoV-2 v Sloveniji kažejo, da smo do zdaj potrdili angleško različico (B.1.1.7, imenovana tudi VOC 202012/01 ali 501Y.V1) pri 745 osebah (prejšnji teden smo poročali o 405 primerih). 

Južnoafriško različico (B.1.351, imenovana tudi VOC 501Y.V2 ali 501Y.V2) smo do sedaj zaznali v treh primerih, dva primera v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter en primer v podravski regiji v tednu 8 (tega smo odkrili iz vzorca, ki smo ga sekvencirali v sodelovanju z Evropskim centrom za nalezljive bolezni).

Edini dozdajšnji primer brazilske različice (P.1, 484K.V2 ali B.1.1.28) ostaja že poročani primer iz 8. tedna pri osebi iz podravske regije.

Nigerijsko različico (B.1.525) smo ugotovili pri dodatnih 6 primerih.

V regijah, ki jih pokrivajo diagnostični laboratoriji NLZOH, se južnoafriška in brazilska različica ne širita naprej.

Angleško različico smo potrdili v 745 vzorcih, od tega 491 z direktnim sekvenciranjem celotnega genoma iz vsakega posameznega vzorca, 245 primerov pa smo potrdili iz vzorcev, ki jih najprej presejemo s posebnim presejalnim PCR testom in potem potrjujemo s sekvenciranjem.

V razrezu različic (deležna zastopanost linij po tednih) vidimo, da angleška različica napreduje, njen delež se vzpenja in dosega skoraj polovico vseh izolatov virusa, ki mu sledimo od novega leta naprej.

Iz sheme A (kjer sekvenciramo direktno) smo ugotovili 340 sekvenc. Tu je že kar 41,8 % angleške različice, ki uspešno izpodriva in poslabšuje epidemiološko sliko v Sloveniji.
V zadnjem tednu smo zaznali le 9 različic, angleška pa v vseh regijah pomembno izpodriva različico B.1.258.17, ki je do sedaj prevladovala praktično v vseh slovenskih regijah.

Jugovzhodna Slovenija ima že 78 % delež angleške različice, sledi koroška z 68 % in nato pomurska z 61 %, najnižji delež angleške različice je v obalno kraški regiji in znaša 24 %.  Skupaj delež angleške različice znaša več kot 40 % (prejšnji teden 33 %).

V različici B.1.258.17, ki je do sedaj prevladovala v Sloveniji, opažamo pojav mutacije N501Y.  To je mutacija na mestu 501, ki jo posedujejo tudi druge pomembne različice (južnoafriška, angleška, brazilska) in je prisotna tudi pri nekaterih drugih različicah. Za mutacijo N501Y je znano, da izboljša prenos virusa, saj se virus bolj čvrsto pritrdi na celico in s tem omogoča hitrejše širjenje. 

Mutacija na mestu 501 povzroči, da se v proteinski strukturi bodice zamenja ena aminoklislina (1 perlica v verigi), kar lahko spremeni obliko bodice – kot ključ in ključavnica se lahko zaradi mutacije povežeta bolje ali slabše ali pa sploh ne. Bolj uspešno kot se virus pritrdi na celico, več časa ima, da v celico vstopi in vpliva na uspešnost okužbo.

Pot od mutacije do ugotovitve, kaj ta povzroča, je dolga. Procesiranje takšnih ugotovitev zahteva svoj čas in bomo v naslednjih tednih vedeli več o tem, v kaki meri je ta različica prisotna. Zahteva nadaljnje raziskave, potrjevanje z drugimi metodami, potrjevanje sekvenciranja, izolacijo na celični kulturi in ponovno sekvenciranje.
Raziskave o tem, če ima različica tudi klinični pomen, tudi sledijo.

V mednarodni bazi smo našli eno tako mutacijo pri različici B1.258.17 v eni sekvenci iz Avstrije.

Poročilo o sledenju različicam Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo smo prejeli naknadno, zato smo po novinarski konferenci iz poročila IMI preračunali odstotke v skupne številke (NLZOH, UKC Ljubljana ter IMI) in jih objavljamo tu.

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.