Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 15. 1. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 29.736 vzorcev, od tega je bilo 6.919 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 2.155 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 8. 1. 2022 do 15. 1. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 1.059 vzorcev, 870 vzorcev iz sheme A, 123 vzorcev iz sheme B (pozitivni na presejalnem PCR testu) in 66 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije).
V vzorcih iz sheme A smo dokazali 2 različici virusa SARS-CoV-2, različico omikron (B.1.1.529 ter podliniji BA.1 in BA.2; n=789, 90,7 %) ter različico delta (B.1.617.2 ter njene podlinije AY; n=81, 9,3 %).

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 8. 1. do 15. 1. 2022.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju rednega sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 29.202 vzorci iz leta 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 157 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=3), delta (n=85) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 16.246 osebah, 135 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D.

Različico omikron (B.1.1.529, ter podliniji BA.1 in BA.2) smo s sekvenciranjem potrdili pri 2.903 osebah, 919 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (sheme A, B, C in D).
Naraščanje pojavnosti različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila (NLZOH + IMI) s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 29.672 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 4.766 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 8. 1. 2021 do 15. 1. 2022

Poročilo IMI 10. do 16. 1. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.