Od 1. januarja 2021 do 17. maja 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 8145 vzorcev in ob tem zabeležili 55 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.
Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu.
Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V Sloveniji izrazito prevladuje angleška različica B.1.1.7. z več kot 97 odstotnim deležem.
Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Najbolj spremljane različice so označene z rdečo.
Južnoafriško različico (B.1.351) smo do sedaj zaznali v šestih primerih.
V zadnji seriji smo potrdili nov primer brazilske različice (P.1), skupaj tri. Ta primer je bil dokazan v jugovzhodni regiji po naročilu epidemiologa.
Prav tako smo potrdili en primer indijske različice (B.1.617.2) pri osebi s Koroške (IMI prejšnji teden prvi primer). Tako indijski kot brazilski primer sta povezana z bivanjem v tujini, epidemiologi so primera obravnavali in sprejeti so bili ustrezni ukrepi.
Nigerijsko različico (B.1.525) smo do sedaj zaznali pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije. Trenutno ne opažamo naraščanja pojavnosti te različice po času.
Različico B.1.1.318 smo do sedaj zaznali v štirih primerih, vsi iz jugovzhodne regije.
V zadnjem obdobju sekvenciranja, od 2. 5. do 8. 5. 2021, smo v NLZOH skupaj s KISLD pregledali 296 vzorcev. Med 204 vzorci iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev smo dokazali 4 različice virusa SARS-CoV-2. Prevladuje angleška različica B.1.1.7 (97,6 %), ki v 100 % ni prisotna le v koroški, obalnokraški ter gorenjski regiji. B.1.258.17 je prisotna le še v 1,5 odstotnem deležu. V shemi A smo zaznali tudi po en primer B.1.617.2, tako imenovane indijske različice, ter en primer različice B.1.367.
Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 284 (v celotnem obdobju 3617). To obsega 199 primerov iz sheme A, 28 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 48 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter 9 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D).
Indijsko različico B.1.617 zastopajo tri pod-linije, ki so trenutno klasificirane kot Variants of interest. Graf spodaj prikazuje število sekvenc teh treh indijskih podtipov oz. pod-linij po državah. Največ je podtipa B.1.617.2 (označeni oranžno), tudi oba primera v Sloveniji.
Velika Britanija je še 7. maja poročala o 509 primerih, zdaj ima že več kot 3300 sekvenc v bazi GISAID.
V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več
Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.