Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 4. maja 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 7333 vzorcev in ob tem zabeležili 51 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.
Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu.

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Najbolj spremljane različice so označene z rdečo (drug seštevanec predstavlja število vzorcev, ki jih je sekvenciral IMI, število v oklepaju predstavlja vrednost v prejšnjem tednu).

Angleško različico (B.1.1.7, imenovana tudi VOC 202012/01 ali 501Y.V1) smo do sedaj zaznali v 2750 vzorcih, skupaj z IMI v 5589 vzorcih.
Južnoafriško različico (B.1.351, imenovana tudi VOC 501Y.V2 ali 501Y.V2) smo do sedaj skupaj z IMI zaznali 28 primerih.
Brazilsko različico (P.1, 484K.V2 ali B.1.1.28), smo do zdaj potrdili pri dveh osebah (nov primer v zadnjem tednu sekvenciranja).
Različico B.1.525 (imenovana tudi G/484K.V3)  smo skupaj z IMI do sedaj zaznali pri 48 osebah.
Različico B.1.1.318 smo do sedaj, skupaj z IMI, zaznali v 10 primerih.

Različice v obdobju od 17. do 25. aprila

V zadnjem obdobju sekvenciranja, od 17. 4. do 25. 4. 2021, smo pregledali 409 vzorcev; 209 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 101 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (vključenih najmanj 10 % pozitivnih vzorcev; Shema B), 88 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 11 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 209 vzorci iz sheme A smo dokazali 3 različice virusa SARS-CoV-2 (tabela spodaj). Še naprej prevladuje angleška različica B.1.1.7 (92,8 %), največ primerov smo zasledili v savinjski regiji, B.1.258.17 je prisotna v manjšem deležu (6,7 %). 1 primer brazilske različice P.1 smo potrdil pri osebi z neznanim prebivališčem.

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 367. To obsega 194 primerov iz sheme A (v prikazih so izvzeti vzorci iz tujine in tisti z neznano lokacijo), 94 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 70 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter 9 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D).

Različice pri bolnikih na enotah intenzivne terapije

Do 25. 4. 2021 smo v sekvenciranje vključili 126 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije EIT (v zadnjem sekvenčnem obdobju 11 vzorcev). Pri 100 bolnikih (79,4 %) smo dokazali prisotnost angleške različice (82 % v zadnjem vzorčnem obdobju), pri 14 vzorcih različico B.1.258.17 (11,1 %), 7 vzorcih različico B.1.1 (5,6 %), medtem ko so ostale različice prisotne v manjšem deležu.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.