Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 23. 7. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 39.465 vzorcev, od tega je bilo 8.509 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 11.452 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 10. 7. 2022 do 23. 7. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 626 vzorcev, vse iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna različica omikron.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 38.908 vzorci iz let 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 222 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=64), delta (n=89) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.129, status: VOC) smo potrdili pri 16.524 osebah.

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.xy) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 12.184 osebah, 626 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (vse sheme).
Podlinijo BA.2 (BA.2.x) (VOC) smo do sedaj potrdili pri 3.123 osebah, 17 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.
Podlinijo BA.4, (VOC) smo potrdili pri 77 osebah, 18 novih primerov poročamo v tej seriji sekvenciranja.
Podlinijo BA.5 (VOC) smo potrdili pri 1.121 osebah, 590 primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.

Naraščanje pojavnosti različice omikron ter posebej tudi podlinij BA.2, BA.4 in BA.5 spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev.  *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.  

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.