Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 6. 8. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 39.977 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 11.964 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 24. 7. 2022 do 6. 8. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 512 vzorcev, vse iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna različica omikron.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 39.420 vzorci iz let 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 229 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=64), delta (n=89) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.129, status: VOC) smo potrdili pri 16.524 osebah.

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.xy) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 12.696 osebah, 626 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (vse sheme).
Podlinijo BA.2 (BA.2.x) (VOC) smo do sedaj potrdili pri 3.129 osebah, 6 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.
Podlinijo BA.4, (VOC) smo potrdili pri 97 osebah, 19 novih primerov poročamo v tej seriji sekvenciranja.
Podlinijo BA.5 (VOC) smo potrdili pri 1607 osebah, 487 primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.

Naraščanje pojavnosti različice omikron ter posebej tudi podlinij BA.2, BA.4 in BA.5 spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev.  *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.  

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 25. 6. 2022 do 9. 7. 2022

Poročilo IMI 4. 7. 2022 do 10. 7. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.