Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 28. 12. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 44.769 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 16.756 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 10. 12. 2022 do 28. 12. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 700 vzorcev. V vseh vzorcih je bila prisotna ena od podrazličic omikrona.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 16.756 vzorci iz leta 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 236 različic virusa SARS-CoV-2 (pangolinij), vključno s podlinijami različice omikron (n=200), delta (n=36).

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.x.) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 17.486 osebah (vse sheme).

Graf 1. Deležna zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). . Zraven glavnih podrazličic omikrona so posebej izpostavljene še BQ.1 in njene podlinije (hčerinska linija BA.5), BA.2.75 s podlinijami (hčerinska linija BA.2) in XBB s podlinijami (rekombinanta med BJ.1 in BM.1.1.1), katerih deleži v zadnjih tednih naraščajo in jih je ECDC uvrstil med različice, ki jih podrobneje spremljamo (VOI, »variant of interest«; https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 10. 12. 2022 do 28. 12. 2022

Poročilo IMI 26. 12. 2022 do 1. 1. 2023

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.