Sledenje različicam SARS-CoV-2

Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.

Od 1. januarja 2021 do 16. marca 2021 smo v NLZOH skupaj s KISLD s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 2908 vzorcev. Skupaj z IMI smo zaznali 46 različic virusa SARS-CoV-2.

V Slovenije še vedno pomembno prevladuje različica B.1.258.17 z 77,92 % v celotni strukturi rezultatov (prejšnji teden 81,03 % oz. 81,9 % dva tedna nazaj). Na drugo mesto se je povzpela različica, ki zbuja največ pozornosti, to je angleška različica B.1.1.7.  V tem tednu beležimo 7,6 odstotni delež in je bila še prejšnji teden s 3,78 % na četrtem mestu med vsemi različicami. Sledita B.1. 258 s 4,75 % in B.1.1.70 s 3,27 % analiziranih vzorcev.

Število primerov angleške različice, ki smo jih potrdili bodisi s sekvenciranjem celotnega genoma bodisi s presejalnim sekvenciranjem t.i. S gena, se je povzpelo na 511. Tako se je število različice B.1.1.7 od prejšnjega tedna ponovno podvojilo (do prejšnjega tedna smo zabeležili 238 primerov). Od tega smo jih skupaj s KISLD potrdili 221 primerov, 290 pa jih je potrdil IMI. 
Pozorno spremljamo tudi t.i. južnoafriško različico z oznako B.1.351 – tudi tu se je število od prejšnjega tedna podvojilo – z 10 na 21 potrjenih primerov. 19 primerov je potrdil IMI, kar pomeni, da pripadajo pretežno osrednji slovenski regiji.
Do danes smo potrdili skupaj 20 primerov različice B.1.525 oz. nigerijske različice. Različica A.27, ki tudi nosi eno od kritičnih mutacij, se je povzpela z 12 na 14. Pozitivna informacija je tudi, da se število brazilske različice P.1 v zadnjem tednu ni povečalo in ostajamo pri enem potrjenem primeru.  

V zadnjem tednu ugotavljamo, da se je v vseh regijah delež sekvenc, ki pripadajo angleški različici B.1.1.7, povzpel . Za celotno obdobje skupaj vidimo, da na celjskem področju angleška različica predstavlja 5,9 % sekvenciranih genomov, na Primorskem 4,7 %. Največje breme pripada Osrednjeslovenski regiji, kjer se je število potrjenih primerov najbolj povečalo. V grobem ni večjih razlik med regijami glede na zastopanost posameznih različic. Najbolj pestro je v vzorcih iz enote v Mariboru, ki zajema pomursko, podravsko in del koroške statistične regije.  Manjša izjema je povišan delež linije B.1.1.70 v podravski regiji.

Naraščanje angleške različice ni tako izrazito razen v osrednjeslovenski regiji, kjer lahko govorimo o eksponenti rasti, kar nakazujejo podatki iz IMI (sivo-rdeči graf spodaj).

Sledenje smo okrepili tako, da smo v regijah s slabšo epidemiološko sliko presejali do 30 % vseh pozitivnih PCR vzorcev. Ločili smo tudi vzorce, ki jih presejamo s posebnimi PCR metodami (presejalni PCR test rTEST COVID19) in vzorce, ki jih sekvenciramo. V vseh regijah presejemo vsaj 20 % vseh pozitivnih PCR vzorcev.
Pri tem nam pomaga slovaški test, s katerim smo testirali 2643 vzorcev in dobili 108 potencialnih angleških različic. Od tega jih je bilo 51 potrjenih s sekvenciranjem genomov, 30 vzorcev je v potrjevanju

Pozorno spremljamo pogostost posameznih različnih mutacij. Rdeče področje predstavljajo mutacije, ki vplivajo na strukturo tistega dela proteina bodice (protein Spike), ki se veže na celico. Teh mutacij je veliko (zaznali smo jih 16), a se razen treh pojavljajo v majhnem številu in nimajo velikega pomena. V največjem deležu zaznamo mutacije, ki so značilne za prevladujoči liniji v Sloveniji – B.1.258.17 in B.1.258.

V zadnjem obdobju pričakovano opažamo največji porast v mutacijah, ki so značilne za angleško različico virusa (B.1.1.7), npr. N501Y in P681H.
N501Y – se pojavlja pri vseh treh različicah posebnega pomena (angleški, južnoafriški in brazilski). V Sloveniji trenutno nimamo dokazov, da se pomembne mutacije na novo pojavljajo v prevladujočih različicah v Sloveniji. Z izjemo N439K vse kritične mutacije opažamo skoraj izključno v problematičnih različicah virusa (ang: Variants of concern), torej angleški, južnoafriški, nigerijski in brazilski različici.

Novinarska konferenca

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam