Generic selectors
Exact matches only
Search in title
Search in content
Post Type Selectors
objave
javne-objave
Lupa
Generic selectors
Exact matches only
Search in title
Search in content
Post Type Selectors
objave
javne-objave

SLOSEQ

Konsolidacija in integracija sekvenciranja celotnega genoma v rutinski monitoring v Sloveniji (angleško: Consolidation and Integration of Whole Genome Sequencing (WGS) into Routine Surveillance in Slovenia)

Področje: Mikrobiologija

Kratek naziv: SLOSEQ

Dolg naziv: Konsolidacija in integracija sekvenciranja celotnega genoma v rutinski monitoring v Sloveniji

Identifikacijska številka projekta / Project identification number: 101112671

Opis projekta za širšo javnost / Project description for general community:

Mikroorganizme, ki povzročajo bolezni, lahko zaznamo na tri različne načine: lahko jih gojimo v laboratoriju, jih zaznamo s pripravljenimi protitelesi (kot recimo pri HAT testih) ali uporabimo molekularne metode in iščemo njihov dedni material. Projekt SLOSEQ se bo ukvarjal z molekularnimi metodami in sicer s sekvenciranjem genomov virusov in bakterij. Protokoli in oprema, ki so bili posodobljeni med epidemijo covida, se bodo v projektu še naprej uporabljali za spremljanje tega virusa. Predvsem pa bomo uporabo opreme razširili na spremljanje naslednje pomembne grožnje – večkratno odpornih bakterij (VOB). V projektu načrtujemo razvoj in optimizacijo procesov, s katerimi bomo avtomatizirali in poenostavili trenutno zapletene procese od zaznavanja bakterij ali virusov preko njihovih molekularnih karakterizacij, analiz, do sporočanja med inštitucijami in končne analize, pomembne za spremljanje stanja na nacionalni ravni in širše v Evropi.

Microorganisms that cause diseases can be detected in three different ways: they can be grown in the laboratory, they can be detected with prepared antibodies (as, for example, with HAT tests), or we can use molecular methods and look for their genetic material. The SLOSEQ project will deal with molecular methods, namely the sequencing of the genomes of viruses and bacteria. The protocols and equipment that were upgraded during the covid epidemic will continue to be used in this project to monitor covid virus. More importantly, we will engage the equipment usage broader to monitor the next major threat – multi-resistant bacteria (also known as AntiMicrobiobial Resistance; AMR). In the project, we plan to develop and optimize processes to automate and simplify complex processes from a bacterium or virus detection through pathogen characterization at the molecular level, analysis to data sharing and communication between institutions, and final analysis important for monitoring the situation nationally and more broadly in Europe.

Opis projekta za znanstveno in strokovno skupnost / Project description for scientific and professional community:

S tem projektom nameravamo vzpostaviti, optimizirati in potrditi delovne postopke, protokole ter analitične/vizualne platforme, ki bodo olajšali izvajanje WGS v nacionalnem nadzoru, v okoljih občasnih izbruhov in izbruhov bolezni.

Vzpostavljena infrastruktura RT-PCR in WGS ter orodja, ki se uporabljajo za zbiranje podatkov o nadzoru SARSCoV-2, bodo nadgrajena in se bodo na nacionalni ravni in ravni EU uporabljali tudi za vzpostavitev genomskega nadzora za dodatne patogene. Poleg tega bomo razvili uporabniku prijazno, odprto dostopno poenostavljeno programsko opremo za analizo in obdelavo podatkov sekvenciranja genomov in nadgradili obstoječe linije in orodja za genomski nadzor, ki se uporabljajo za zbiranje podatkov za nadzor SARS-CoV-2. Zagotovili bomo trajnostni načrt za nadaljnje izvajanje in širšo uporabo razvitega sistema. 

Razviti system in orodja bodo omogočali boljšo pripravljenost in odziv na grožnje javnemu zdravju, trajnost mikrobiološkega sistema javnega zdravja, prispevali k razvoju v e-zdravstveni sistem ter ohranili in okrepili zmogljivosti genomskega nadzora in odzivanja na epidemije v Sloveniji ter izmenjavo podatkov med različnimi javnimi področji.

In this project, we plan to establish, optimize, and validate workflows, protocols, and analytical/visualisation platforms that will facilitate the implementation of WGS in national surveillance in sporadic and outbreak settings.

The established RT-PCR and WGS infrastructure and tools for collecting SARSCoV-2 surveillance data will be upgraded. They will also be used to set up genomic surveillance for additional pathogens at the national and EU levels. In addition, we will develop a user-friendly open-access simplified software to analyse and process genome sequencing data and upgrade the existing genomic surveillance data pipelines and tools used for collecting SARS-CoV-2 surveillance data. We will ensure the sustainability plan for the continued implementation and broader use of the developed system. 

As a result, we will ensure better preparedness and response to public health threats, sustainability of the public health microbiology system, contribute to developing an e-based health system and maintain and strengthen genomic surveillance and epidemic response capacities in Slovenia and data sharing across various public domains.

Družbeni pomen projekta / Social relevance of the project:

V skladu s splošnimi cilji razpisa, ki predvideva integracijo vključevanja metod, ki temeljijo na genomiki v rutinsko spremljanje bolezni in pripravljenost ter odzivanje na čezmejne izbruhe bolezni, si bomo prizadevali za razvoj shranjevanja podatkovnih zbirk, množičnih analiz, avtomatizacije standardnega postopka analize podatkov in samodejnega poročanja primerov. S tem bomo izboljšali spremljanje morebitnih epidemiološko kritičnih razmer v realnem času, in zagotovili zaščito najbolj prizadetega prebivalstva pred okužbami in hudimi zdravstvenimi posledicami.

Digitalna preobrazba zdravstvenega sektorja je ena od najpomembnejših prednostnih nalog v Sloveniji. V okviru tega projekta se bo delovalo v smeri e-poročanja, opredelitve primerov s sprejetjem mednarodnega kodnega sistema in pravočasnega obveščanja mednarodnih organov za skupen odziv in pripravljenost na boj proti grožnjam nalezljivih bolezni za javno zdravje.

In concordance with the general objectives of this call to facilitate the integration of genomics-based methods into routine disease surveillance and cross-border outbreak preparedness and response, we will aim to develop database storage, mass analysis, automatization of the standard data analysis process, and automatic case-based reporting. This will enhance the real-time monitoring of epidemiologically critical situations to protect the most affected population from infections and severe health consequences.

The digital transformation of the health sector is one of the highest priorities in Slovenia. Within the framework of this project, work towards e-based reporting, case definition identification with adopting an international code system, and timely information will be provided to the international bodies for joint response and preparedness to combat the threats of communicable diseases to public health.

Rezultati in izidi projekta / Project results and outcomes:

Rezultati bodo naloženi v realnem času.

Results will be uploaded in real-time.

Trajanje / Duration: 1.7.2023 – 30.6.2025

Vodilni partner: Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH)

Partnerji:  Nacionalni inštitut za javno zdravje (NIJZ); Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo pri Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani

Trije projektni partnerji tvorijo strateški nacionalni okvir za diagnostično mikrobiologijo ter mikrobiološki in epidemiološki nadzor. NLZOH in UL-IMI opravita približno 95 % diagnostičnih preiskav s področja medicinske mikrobiologije v Sloveniji in služita vsem javnim zdravstvenim ustanovam v Sloveniji, vključno z Univerzitetnim kliničnim centrom Ljubljana, Univerzitetnim kliničnim centrom Maribor, 26 regionalnim in specializiranimi bolnišnicami, 62 primarnim zdravstvenim centrom in večini zasebnih zdravstvenih delavcev. Nacionalni inštitut za javno zdravje (NIJZ) je osrednja slovenska ustanova za prakso, raziskave in izobraževanje na področju javnega zdravja. Osnovna naloga NIJZ je zagotavljanje raziskav in analiz na področju zdravja ljudi ter varovanje in povečevanje ravni zdravja prebivalstva z ozaveščanjem prebivalstva in izvajanjem drugih preventivnih ukrepov.

The Lead Partner: National Laboratory of Health, Environment and Food (NLZOH)

Partners:  National Institute of Public Health (NIJZ); The Institute of Microbiology and Immunology at the Faculty of Medicine, University of Ljubljana (UL-IMI)

Three project partners form the strategic national framework for diagnostic microbiology and microbiological and epidemiological surveillance. NLZOH and IMI UL perform about 95 % of diagnostic tests in the field of medical microbiology in Slovenia and serve all public healthcare institutions in Slovenia, including University Medical Centre Ljubljana, University Medical Centre Maribor, 26 regional and specialised hospitals, 62 primary healthcare centres, and most private healthcare practitioners. The National Institute of Public Health (NIJZ – AE) is the central Slovenian institution for public health practice, research, and education. The primary function of NIJZ is to provide research and analysis in the field of human health and protect and increase the population’s level of health by raising the population’s awareness and carrying out other preventive measures.

Financiranje / Financing: 

SLOSEQ je projekt Evropske unije, ki ga sofinancira Evropska izvajalska agencija za zdravje in digitalno tehnologijo – HaDEA.

SLOSEQ is a European Union project co-financed by European Health and Digital Executive Agency – HaDEA.

Zakaj sodelovati z nami?

Zanesljivi rezultati neodvisnih strokovnjakov

Strokovnost

Storitve izvajamo v skladu z najnovejšimi spoznanji v različnih strokah.

Neodvisnost

Naloge v vseh svojih dejavnostih in oblikovanje strokovnih mnenj izvajamo neodvisno.

Odgovornost

Vsak zaposleni je odgovoren za izvajanje svojih nalog v dogovorjenem času.

Zanesljivost

Točnost, natančnost, pravilnost in pravočasnost so temelj zanesljivosti in s tem zaupanja naših uporabnikov storitev.

Področja
Storitve
Iskanje
O nas
Lokacije
Skip to content