Sledenje različicam SARS-CoV-2

Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.

Od 1. januarja 2021 do 2. marca 2021 smo v NLZOH skupaj s KISLD s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 1636 vzorcev, IMI dodatno 55.

Prevladuje različica B.1.258.17 z 81,9 % v celotni strukturi rezultatov (prejšnji teden 75,8 %). Na drugem mestu je različica  B.1.258, s 5,6 % in na tretjem B.1.1.70 s 3,9 % analiziranih vzorcev.

Največja pozornost je namenjena trem različicam virusa – angleški, južnoafriški in brazilski, ker nosijo eno ali več kritičnih mutacij. Do zdaj smo v Sloveniji zabeležili 83 primerov angleške različice B.1.1.7, od tega smo jih skupaj s KISLD potrdili 33 primerov, 49 pa jih je potrdil IMI. Imamo še en belgijski primer, ki ga nismo potrjevali v Sloveniji.
Južnoafriška različica B.1.351 – imamo dva potrjena primera in enega v potrjevanju.
Potrdili smo tri primere različice B.1.525 oz. nigerijske različice (mariborsko področje 1, jugovzhodna Slovenija 1, Kranj 1), IMI je potrdil štiri takšne primere v osrednjeslovenski regiji. Kritično mutacijo nosi tudi različica A 27, ki jo je IMI potrdil v šestih primerih.

Zastopanost različic po regijah kaže, da je najbolj pestro na podravskem območju, kjer večji delež predstavlja različica B.1.1.70. Različica B.1.258 najbolj prevladuje v novomeškem področju s 93,4 %. Na koprskem področju angleška različica predstavlja 4 %, tako da je obalno-kraška regija s tega vidika močno obremenjena, kot je tudi osrednjeslovenska regija.

Filogenetsko drevo virusa SARS-CoV-2 kaže na pestrost sekvenc znotraj linije B.1.258.17, ki je v Sloveniji najbolj prisotna. Zaporedja genomov se grupirajo v posamezne skupine. Prevladujejo rezultati, ki so prisotni v posamezni regiji. Vse ostale različice so genetsko bolj oddaljene od naše prevladujoče različice B.1.258.17.

Število potrjenih primerov angleške različice narašča. Obstaja velika verjetnost, da se bo v naslednjem tednu število potrjenih primerov angleške različice podvojilo.
Do zdaj smo s t. i. slovaškim testom pregledali 2454 vzorcev, dobili 79 pozitivnih rezultatov in jih od tega kot angleško različico potrdili 22. Za druge različice se je izkazalo 25 vzorcev, imamo pa še 32 vzorcev v delu. S tem presejanjem nadaljujemo.

V okviru presejalnega sekvenciranja, ki ga izvaja IMI, je bilo od 1. 1. do 21. 2. 2021 presejanih 2310 vzorcev. Potrjenih je bilo 49 angleških različic, ena južnoafriška, nobene brazilske. Dodatno so presejali 577 vzorcev, od tega je bilo 55 pozitivnih na mutacijo na mestu N501Y (to mutacijo imajo vse tri različice), en vzorec je sumljiv na južnoafriško različico.

Pregled mutacij pri treh najbolj opazovanih različicah virusa kaže, da si nekatere različice te mutacije delijo, nekatere so prisotne pri dveh, nekatere pri eni. Prav tako nobena mutacija ni značilna le za eno različico, ampak so lahko prisotne v več kot 50 različicah. Zato poskušamo slediti vsem tistim, ki bi lahko prispevale k uspešnosti cepljenja oz. izogibanju imunskega sistema.

Novinarska konferenca

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam