Animacija različic SARS-CoV-2

Slovenija sodeluje v svetovni iniciativi sekvenciranja virusnih genomov novega koronavirusa. Pridobljene podatke nalagamo v prosto dostopno bazo GISAID, kjer so brezplačno na voljo za domače in tuje raziskave na tem področju.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. V animaciji lahko z virusom ali bolnikom povezane podatke pregledujemo glede na statistične regije v Sloveniji kot tudi globalno. Vsak krogec predstavlja en virusni dedni zapis. Ko se pomaknemo na krogec, se nam prikaže polje s podatki o vzorcu (npr. kdaj in kje je bil testiran) ter podatki o virusu, ki je bil najden v tem vzorcu (kateri različici pripada glede na različne nomenklature).

Vsi dedni zapisi virusov iz Slovenije so urejeni v razvejano mrežo, glede na to, kako so si med seboj podobni. Tako mrežo imenujemo filogenetsko drevo. Na spodnji vodoravni osi ima to filogenetsko drevo tudi časovno os, po kateri se lahko pomikamo in opazujemo, kako so se postopno pojavljale nove različice v Sloveniji in se nato širile. Med širjenjem se virus še vedno spreminja in zato je drevo vedno bolj razvejano.

Po izbiri lahko podatke na grafih obarvamo glede na različne dejavnike, ki so nastavljivi pod zavihkom ‘Color By’. Pod ostalimi nastavitvami so nam omogočene še nekatere dodatne možnosti prikaza grafa, nastavitve časovnice kot tudi nastavitve animacije, ki jo zaženemo z gumbom ‘PLAY’.

V animacijo so vključeni tudi nekateri genomi iz tujine, ki so zelo podobni našim. Ti so obarvani sivo. Opozoriti želimo, da s krivuljami označene povezave znotraj Slovenije ter povezave s tujimi državami ne pomenijo epidemiološko potrjenih prenosov, pač pa podobnosti genomov, ki so naloženi v bazi GISAID. Predvsem povezave s tujino so v veliki meri odvisne od obsega sekvenciranja v posameznih državah ter dostopnosti njihovih podatkov.

Dostop do animacije tudi tukaj.