Sledenje različicam SARS-CoV-2

Na Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano, NLZOH, se opravlja velik delež PCR testiranja na SARS-CoV-2. Pri vsakem desetem PCR pozitivnem vzorcu se preveri tudi sekvenca genoma virusa. Sekvenciranje izvaja Klinični inštitut za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana, v manjši meri pa se izvaja tudi na dveh oddelkih NLZOH, in sicer Oddelku za mikrobiološke raziskave v Mariboru in Oddelku za javnozdravstveno mikrobiologijo v Ljubljani.

Od 1. 1. 2021 do 18. 2. 2021 smo s sekvenciranjem pregledali 930 vzorcev. Pri 384 vzorcih smo pregledovali prisotnost novih različic samo s sledenjem pomembnih mutacij, pri 551 pa smo določili celotne genome.

Angleško različico smo do sedaj zaznali pri štirih vzorcih. En primer smo potrdili že januarja pri potniku, ki se je decembra vrnil iz Anglije, tri pa smo potrdili z nacionalno strategijo sledenja v februarju – en primer je iz podravske regije, druga dva pa sta iz jugovzhodne regije. Južnoafriške in brazilske različice nismo zaznali.

V vzorcih iz diagnostičnih mikrobioloških laboratorijev NLZOH iz vse Slovenije močno prevladuje različica B 1.258.17, ki v posameznih regijah predstavlja od 74 % do 92 % vseh sekvenciranih genomov. Ta različica se pojavlja tudi v drugih državah po svetu (na primer na Češkem, Slovaškem, Danskem, v Avstriji, Švici, itd.).

V naslednji tabeli prikazujemo genetske različice virusa SARS-CoV-2, ki smo jih s sekvenciranjem celotnega genoma virusa zaznali v 551 vzorcih.

Prav tako poteka priprava nacionalne strategije sledenja znanim in novim različicam SARS-CoV-2, v katero so vključene inštitucije z različnih področij, ki bodo pokrivale epidemiološke vidike in spremljanje (Nacionalni inštitut za javno zdravje), sledenje v humanih vzorcih (Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani,  Klinični inštitut za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana), sledenje v odpadnih vodah na čistilnih napravah in v bolnišnicah (Nacionalni inštitut za biologijo, NLZOH) ter sledenje pri živalih (Nacionalni veterinarski inštitut).