Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 21. junija 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 9462 vzorcev in ob tem zabeležili 57 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu. Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V zadnjem obdobju sekvenciranja smo v tej shemi dokazali tri različice virusa SARS-CoV-2 in sicer alfa različico (B.1.1.7), B.1.1 in delta različico (B.1.617.2 ).

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnjih tabelah. V tabeli levo, ki izpostavlja le najbolj spremljane različice, drugi seštevanec predstavlja podatke Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani (IMI). Skupno število različic v desni tabeli vključuje le podatke NLZOH.

Število novo potrjenih alfa različic (B.1.1.7 oz. prej imenovana angleška različica) v zadnjem testiranem obdobju je 344 (81 NLZOH + 263 IMI).

Dva nova primera delta različice (B.1.617.2 ) sta bila potrjena v pomurski in gorenjski regiji, 7 novih je potrdili IMI. Skupaj smo potrdili delta različico v 18 vzorcih (6 NLZOH, 12 IMI) in kapa različico v enem vzorcu (IMI).

Novih primerov drugih različic v obdobju od 6. do 13. 6. 2021 nismo potrdili.

Skupaj je do zdaj potrjenih 29 primerov beta različice in 7 primerov gama različice.
Potrdili smo tudi skupaj 48 primerov eta različice, 4 primere jota različice in različico B.1.1.318 v 14 primerih.

Nov primer jota različice (B.1.526) smo potrdili pri osebi iz obalno-kraške regije, skupaj so do zdaj potrjene v 4 primerih.

Različice v obdobju od 6. do 13. junija

V zadnjem obdobju, od 6. do 13. 6. 2021, smo v NLZOH skupaj s KISLD uspešno posekvencirali 87 vzorcev; 49 iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 9 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 29 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C). V zadnji seriji ni bilo vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 49 vzorci iz sheme A smo dokazali tri različice virusa SARS-CoV-2, alfa (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica), B.1.1 in delta (B.1.617.2 ali indijska različica). Med vsemi vzorci, iz vseh treh shem, smo dokazali 5 različic SARS-CoV-2, B.1.1.7 (n= 81; 93,1 %), B.1.258.17 (n=2; 2,3 %),  B.1.617.2 (n=2; 2,3 %), B.1.1 (n=1; 1,1 %) ter B.1.1.70 (n=1; 1,1%).  

IMI je v zadnje presejalno obdobje vključil 277 vzorcev.

Skupno število novo potrjenih alfa različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 344 (81 NLZOH + 263 IMI).
Skupno število alfa različic je 10.107 (4716 NLZOH in 5392 IMI).

Delta in alfa različica

V Sloveniji imamo skupaj potrjenih 18 primerov delta različice. Vrednosti delta različice po posameznih državah po svetu je prikazano na grafu spodaj.

Spodnji graf prikazuje delež sekvenciranih genomov, ki ga po posameznih državah predstavlja delta različica. Celokupno število genomov predstavlja vrednost od pojava delta različice v državi dalje. S črnimi puščicami so označene evropske države, Slovenija je označena z zeleno puščico.

Graf spodaj prikazuje delež različice delta v izboru evropskih držav, ki so od prve zaznave različice v svoji državi sekvencirale vsaj 100 vzorcev.

Delež delta različice po mesečni časovni skali, predstavljen posamično za kontinente prikazuje graf spodaj. Dodatno so predstavljeni podatki za Združeno kraljestvo (modra linija), kjer delta različica že odločno prevladuje.

Alfa različica in njen delež po mesečni časovni skali, predstavljen posamično za kontinente, je prikazan na spodnjem grafu. Dodatno so predstavljeni podatki za Združeno kraljestvo (roza linija).

Prikaz razširjenosti različic v Angliji med februarjem in junijem letos je prikazan v spodnjih grafih. Vsi sekvencirani primeri so razdeljeni glede na status potovanja oziroma nepotovanja od 14. junija 2021 (razen 428 primerov, ko datum vzorca ali status potovanja ni znan). Podatki o različicah povezanih s potovanji so na voljo samo do 7. junija.

Različice po cepljenju

Različice virusa potrjene pri osebah po popolnem cepljenju so prikazane v spodnji tabeli. Skupaj so potrjene tri različice pri 409 primerih.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.