Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 3. 3. 2024 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 48.047 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC.

Tabela 1 prikazuje število analiziranih genomov virusa SARS-CoV-2 od 2020 do 2024 in po tednih sprejema vzorcev v laboratorij za tekoče leto.

V zadnjem obdobju, od 26. 2. 2024 do 3. 3. 2024, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 5 SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev, vsi iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna ena od podrazličic omikrona.

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: spremljanje pomembnih različic

ECDC od 23. 3. 2023 nobene različice ne uvršča med VOC (»Variants of Concern«), medtem ko se podrobneje spremlja linije in hčerinske linije XBB.1.5-like in XBB.1.5-like+F456L (VOI, »Variants of Interest«) in BA.2.86 (VUM, »Variant Under Monitoring« (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

V tabeli 3 je prikazano število potrjenih primerov posameznih različic, ki jih podrobneje spremljamo.

Poročilo NLZOH za teden od 26. 2. 2024 do 3. 3. 2024

Poročilo IMI 29. 1. 2024 do 15. 2. 2024

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.