Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. 1. 2021 do 29. 6. 2021 smo v NLZOH s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 8904 vzorcev, od tega je bilo 1636 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 9581 od tega 9400 iz leta 2021.

Pregled števila analiziranih vzorcev po tednih v letu 2021:

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnjih tabelah. 

Leva tabela izpostavlja le najbolj spremljane različice. Skupno število različic v desni tabeli vključuje le podatke NLZOH.

Število novo potrjenih alfa različic (B.1.1.7 oz. prej imenovana angleška različica) v zadnjem testiranem obdobju je 277 (90 NLZOH + 187 IMI).

Delta različica (B.1.617.2 ) je bila v tem tednu potrjena v skupno 47 vzorcih (3 NLZOH, 44 IMI).

IMI je v zadnjem tednu potrdil tudi genetsko različico B.1.1.318 v 6 vzorcih. Novih primerov drugih različic v obdobju od 14. do 21. 6. 2021 nismo potrdili.

Skupaj je do zdaj torej potrjenih 65 primerov delta različice, 29 primerov beta različice, 7 primerov gama različice. Različico eta smo do sedaj skupno potrdili v 48 primerih, jota različico v 4 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Regijska porazdelitev različice delta je prikazana v spodnji tabeli.

Različice v obdobju od 6. do 13. junija

V zadnjem obdobju, od 14. 6. do 21. 6. 2021, smo v NLZOH skupaj s KISLD UKC Ljubljana uspešno posekvencirali 94 vzorcev; 66 iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 10 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 13 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 5 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 66 vzorci iz sheme A smo dokazali dve različici virusa SARS-CoV-2, alfa (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica), delta (B.1.617.2 ali indijska različica). Med vzorci iz vseh shem smo dokazali 3 različice SARS-CoV-2, alfa (n= 90; 95,7 %), delta (n=3; 3,2 %) ter C.36.3  (n=1; 1,1 %) (Tabela 2).  

Trije novi primeri delta različice so bili potrjeni v osrednjeslovenski, savinjski regiji ter pri osebi z neznanim bivališčem, ki je bila testirana v obalno-kraški regiji.

Prvič poročamo različico C.36.3, ki je znana tudi kot C.36 s pridruženo mutacijo L452R (C.36+L452R). C.36.3 je s strani ECDC trenutno uvrščena kot ‘Variant under investigation’. Zaznan primer je naročilo epidemiologa iz gorenjske regije.

Novih primerov beta (B.1.351 ali južnoafriška različica), gama (P.1. ali brazilska), eta (B.1.525 ali nigerijska različica) ter B.1.1.318 v obdobju od 6.6. do 13. 6. 2021 nismo potrdili.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 14. 6. do 21. 6. 2021

Poročilo IMI za teden 14. 06. 2021 in 20. 06. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.