Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. 1. 2021 do 13 . 7. 2021 smo v NLZOH v sodelovanju z KISLD UKC Ljubljana s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 9316 vzorcev, od tega je bilo 1667 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 9812 od tega 9618 iz leta 2021.

Pregled števila analiziranih vzorcev po tednih v letu 2021:

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnjih tabelah. 

Leva tabela izpostavlja le najbolj spremljane različice. Skupno število različic v desni tabeli vključuje le podatke NLZOH.

Število novo potrjenih alfa različic (B.1.1.7 oz. prej imenovana angleška različica) v zadnjem testiranem obdobju je 88 (32 NLZOH + 56 IMI).

Delta različica (B.1.617.2 ) je bila v tem tednu potrjena v skupno 66 vzorcih (14 NLZOH, 52 IMI). IMI je v zadnjem tednu potrdil tudi genetsko različico delta+ v 4 vzorcih.

V zadnjem obdobju smo potrdili tudi 1 različico gama (IMI). Različic beta, eta, jota in kapa v obdobju 27. 6. do 4. 7. nismo potrdili.

Skupaj je do zdaj torej potrjenih 200 primerov delta različice in 6 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice, 8 primerov gama različice in 10.727 primerov alfa različice. Različico eta smo do sedaj skupno potrdili v 48 primerih, jota različico v 6 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Regijska porazdelitev različice delta je prikazana v spodnji tabeli.

Različice v obdobju od 27. junija do 4. julija

V zadnjem obdobju, od 27. 6. do 4. 7. 2021, smo uspešno posekvencirali 50 vzorcev; 49 iz sheme vzorčenja vseh PCR pozitivnih vzorcev (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev) in 1 vzorec po naročilu epidemiologa (Shema C).

Med vsemi 50 vzorci, iz sheme A in C, smo potrdili štiri različice virusa SARS-CoV-2, alfa (B.1.1.7; n=32, 64,0 %), delta (B.1.617.2; n=14; 28,0 %), C.36.3 (n=3, 6,0 %), C.36 (n=1, 2,0 %)

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 27. 6. do 4. 7. 2021

Poročilo IMI za teden 28. 6. 2021 in 4. 7. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.