Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 11. do 7. 11. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 19.122 vzorcev, od tega je bilo 4048 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 18.869 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 1. 11. do 7. 11. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 731 vzorcev, 586 vzorcev iz sheme A, 125 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) ter 20 vzorcev iz sheme D (bolniki na intenzivni negi). V vseh 586 vzorcih iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.xx)

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v obdobju od 1. 11. do 7. 11. 2021 nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 18.869 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 128 različic virusa SARS-CoV-2 (vključno s podlinijami različice delta in alfa).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 9,045 osebah, 707 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v 5 primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Mu različica (B.1.621, status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili 1 primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 17.809 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 1. 11. do 7. 11. 2021

Poročilo IMI za teden od 1. 11. do 7. 11. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.