Sledenje različicam SARS-CoV-2

Posodobljeno 14. januarja 2022

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 2. 1. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 26.039 vzorcev, od tega je bilo 5.828 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 22 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 25. 12. 2021 do 1. 1. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 683 vzorcev, 154 vzorcev iz sheme A, 523 vzorcev iz sheme B (pozitivni na presejalnem testu) in 6 vzorec iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije).
V vzorcih iz sheme A smo dokazali 2 različici virusa SARS-CoV-2, različico delta (B.1.617.2 ter njene podlinije AY; n=119, 77,3 %) ter različico omikron (B.1.1.529, ter podlinijo BA.1; n=35, 22,7 %).

Zaradi tarčnega iskanja različice omikron v obdobju vključenem v to poročilo številčno prevladujejo vzorci iz sheme B, posledično je število vzorcev v shemi A izjemoma nižje in so zato odstotni deleži slabo reprezentativni.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 25. 12. 2021 do 1. 1. 2022.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju rednega sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 25.549 vzorci iz leta 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 149 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=1), delta (n=81) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 14.788 osebah, 130 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D.

Različico omikron (B.1.1.529, ter podlinije BA.1 in BA.2) smo s sekvenciranjem (rednim in izrednim) potrdili pri 756 osebah. Vsi primeri okužbe so bili potrjeni s PCR med 15. 12. in 1. 1. 2022.   

Potrjeni primeri okužb z različico omikron

Posebno pozornost namenjamo različici omikron in v NLZOH različico omikron odkrivamo na dva načina:

• s presejalnim PCR testom za karakteristične mutacije VOC,
• s sekvenciranjem genoma virusa kot dokončni dokaz prisotne različice.

V spodnji tabeli prikazujemo števila primerov, ki so bili pozitivni s presejalnim PCR testom – 8645 primerov ter število potrjenih s sekvenciranjem – 756 primerov.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 27.677 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 1.652 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Posebno pozornost namenjamo različici omikron in v spodnji tabeli prikazujemo števila primerov, ki so bili pozitivni s presejalnim PCR testom. Skupaj 1406 primerov (925 NLZOH in 481 IMI), ki so za dokončno potrditev vključeni še v sekvenciranje.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 25. 12. 2021 do 1. 1. 2022

Poročilo IMI – 27. 12. 2021 do 2. 1. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.