V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 18. 3. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 35.102 vzorcev, od tega je bilo 8.166 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 7.306 vzorcev iz leta 2022.
V zadnjem obdobju, od 12. 3. 2022 do 18. 3. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 674 vzorcev, vsi iz sheme A. V vseh 674 vzorcih smo dokazali različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.1, BA.1.1, BA.2 in BA.3)
V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 12. 3. do 18. 3. 2022.
Preostalih treh različic s statusom VOC, delta (B.1.617.2 in podlinije AY.4 – AY.129), beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili.
Med 34.549 vzorci iz leta 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 162 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=5), delta (n=89) in alfa (n=2).
Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.
Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.
Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.
Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.127, status: VOC) smo potrdili pri 16.432 osebah.
Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.1, BA.1.1 in BA.2) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 8.047 osebah, 674 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (vse sheme).
Podlinijo BA.2 smo do sedaj potrdili pri 944 osebah, 403 nove primere poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.
Naraščanje pojavnosti različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.
Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev. *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.
V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila (NLZOH + IMI) s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.
Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 29.905 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 14.261 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.
Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 12. 3. 2021 do 18. 3. 2022
Poročilo IMI 7. 3. 2022 do 13. 3. 2022
V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več
Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.