Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 3. 6. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 38.163 vzorcev, od tega je bilo 8.509 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 10.150 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 28. 5. 2022 do 3. 6. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 50 vzorcev, vse iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna različica omikron.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 37.606 vzorci iz let 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 191 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=33), delta (n=89) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.129, status: VOC) smo potrdili pri 16.524 osebah.

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.xy) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 10.880 osebah, 50 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (vse sheme).
Podlinijo BA.2 (BA.2.x) (VOC) smo do sedaj potrdili pri 2.985 osebah, 41 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.
Podlinijo BA.4, (VOC) smo potrdili pri dveh osebah. Prvič so BA.4 našli v Južni Afriki januarja 2022.
Podlinijo BA.5 (VOC) smo potrdili pri 21 osebah, 9 primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Prvič so podlinijo BA.5 potrdili v Južni Afriki februarja 2022.

Naraščanje pojavnosti različice omikron ter posebej tudi podlinij BA.2, BA.4 in BA.5 spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev.  *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.  

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila (NLZOH + IMI) s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 29.997 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 19.324 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 28. 5. 2022 do 3. 6. 2022

Poročilo IMI 23. 5. 2022 do 29. 5. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.