Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 25. maja 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 8420 vzorcev in ob tem zabeležili 55 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu.
Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V Sloveniji je delež angleške različice v tej shemi v zadnjem tednu dosegel 100 %,

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Različice, ki jih spremljamo najbolj pozorno, so označene z rdečo, pri čemer drugi seštevanec predstavlja vzorce, ki jih je sekvenciral IMI.

V zadnji seriji smo v NLZOH potrdili nov primer brazilske različice (P.1), skupaj štiri. Ta primer je bil dokazan v Kopru.
Potrdili smo nov primer indijske različice (B.1.617.2), ki je povezan s primerom s Koroške, ki je bil potrjen v prejšnjem obdobju sekvenciranja. Na IMI so v zadnjem presejalnem obdobju potrdili tudi indijsko različico podtipa B.1.617.1. Tako indijska kot brazilski primer so povezani z bivanjem v tujini, epidemiologi so primere obravnavali in sprejeti so bili ustrezni ukrepi.
Južnoafriško različico (B.1.351) smo do sedaj skupaj zaznali v 29 primerih in nigerijsko različico (B.1.525) pri 48 osebah.

Različice v obdobju od 8. do 16. maja

V zadnjem obdobju sekvenciranja, od 8. 5. do 16. 5. 2021, smo pregledali 277 vzorcev; 176 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 11 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 77 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 13 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 176 vzorci iz sheme A smo dokazali samo angleško različico virusa SARS-CoV-2 (100%, B.1.1.7). Med vsemi vzorci, iz vseh štirih shem, smo dokazali 4 različice SARS-CoV-2 (B.1.1.7, B.1.258.17, P.1. ter B.1.617.2), s prevlado angleške različice (96,4%).  100 odstotni delež angleške različice smo ponovno zaznali med bolniki, ki se zdravijo v intenzivnih enotah.

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 267 (v celotnem obdobju 3881). To obsega vseh 176 primerov iz sheme A, 10 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 68 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter vseh 13 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D).
IMI je angleško različico v obdobju od 3. do 16. maja potrdil v 1114 vzorcih, v celotnem obdobju pa v 4382 vzorcih.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.