Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 31. maja 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 8608 vzorcev in ob tem zabeležili 56 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu.
Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V Sloveniji delež angleške različice v tej shemi še naprej prevladuje.

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Različice, ki jih spremljamo najbolj pozorno, so označene z rdečo.

Število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 119.

Potrdili smo en nov primer B.1.617.2, tako imenovane indijske različice, povezane s poznanim primerom s Koroške, ki je bil povezan z bivanjem v tujini, ter en nov primer brazilske različice (P.1).

V zadnjem tednu smo prvič zaznali različico B.1.526. Najprej so jo potrdili v New York-u (ZDA), podrobneje jo spremljamo zaradi prisotnosti mutacije E484K. V Sloveniji smo zaznali tri primere, vse v obalno-kraški regiji.

Novih primerov južnoafriške, nigerijske ter različice B.1.1.318 v obdobju od 16. 5. do 23. 5. 2021 v NLZOH nismo potrdili.

Različice v obdobju od 16. do 23. maja

V zadnjem obdobju, od 16. 5. do 23. 5. 2021, smo uspešno posekvencirali 127 vzorcev; 102 iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 5 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 17 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 3 vzorce bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 102 vzorci iz sheme A smo dokazali tri različice virusa SARS-CoV-2. Prevladuje angleška različica B.1.1.7 (97,0 %,). V dveh primerih smo potrdili različico B.1.258.17 (2,0 %) ter v enem brazilsko različico P.1 (1,0 %). Med vsemi vzorci, iz vseh štirih shem, smo dokazali 6 različic SARS-CoV-2 (B.1.1.7, B.1.258.17, P.1, B.1.617.2, C.36 ter B.1.526), s prevlado angleške različice (93,7 %) (tabela spodaj).  

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 119. To obsega vseh 99 primerov iz sheme A, 2 primera iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 15 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter vse tri primere iz sheme D (EIT).

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.