Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 24. 11. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 43.573 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 15.560 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 12. 11. 2022 do 24. 11. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 373 vzorcev, 371 iz sheme A in dva vzorca iz sheme C (naročila epidemiologov). V vseh vzorcih je bila prisotna različica omikron.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 15.560 vzorci iz leta 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 208 različic virusa SARS-CoV-2 (pangolinij), vključno s podlinijami različice omikron (n=172), delta (n=36).

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.x.) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 16.292 osebah (vse sheme).

Naraščanje pojavnosti različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev.  *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.  

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 12. 11. 2022 do 24. 11. 2022

Poročilo IMI 14. 11. 2022 do 20. 11. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.