Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 9. 12. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 44.067 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 16.054 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 25. 11. 2022 do 9. 12. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 494 vzorcev, 492 iz sheme A in dva vzorca iz sheme C (naročila epidemiologov). V vseh vzorcih je bila prisotna različica omikron.  

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: različice skupaj

Med 16.054 vzorci iz leta 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 220 različic virusa SARS-CoV-2 (pangolinij), vključno s podlinijami različice omikron (n=184), delta (n=36).

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.x.) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 16.786 osebah (vse sheme).

Naraščanje pojavnosti različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Graf 1. Deležna zastopanost  podrazličic omikrona po tednih. Zraven glavnih podrazličic omikrona sta posebej izpostavljeni BQ.1 in njene podlinije (hčerinska linija BA.5) in BA.2.75 s podlinijami (hčerinska linija BA.2) katerih deleži v zadnjih tednih naraščajo in jih je ECDC uvrstil med različice, ki jih podrobneje spremljamo (VOI, »variant of interest«; https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 25. 11. 2022 do 9. 12. 2022

Poročilo IMI 28. 11. 2022 do 4. 12. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.