Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 8. 8. 2021 smo s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 10.707 vzorcev, od tega je bilo 1.671 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 11.203, od tega 11.007 iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 1. 8. do 8. 8. 2021, smo uspešno posekvencirali 408 vzorcev, 407 vzorcev iz sheme A (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev) in 1 vzorec iz sheme C.

Med 407 vzorci iz sheme A smo potrdili 3 različice virusa SARS-CoV-2, delta (B.1.617.2 in njene podlinije AY.4 do AY.12; n=403; 99,0 %), alfa (B.1.1.7; n=3; 0,7 %) in C.36.3 (n=1; 0,3 %) (Tabela 2).

NLZOH: različice skupaj

Med 11.007 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo zaznali 67 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status:VOC) smo do sedaj zaznali v 5.099 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status:VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica,inpodtip P.1.1, status:VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4 – AY.12, status: VOC) smo potrdili pri 1264 osebah, 403 nove primere poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti indijske različice spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Kapa različico (B.1.617.1, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri eni osebi.  

Eta različico (B.1.525, tudi nigerijska različica, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v štirih primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Jota različico (B.1.526, tudi newyorška različica, status: monitoring), smo potrdili pri petih osebah.

C.36.3 (status: VUI), pretežno evropska linija. Do sedaj smo potrdili 11 primerov, 1 nov primer poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Večina (n=10) primerov je iz obalno-kraške regije, en primer je iz gorenjske statistične regije.

B.1.621 (status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) iz predzadnje serije za NLZOH in IMI skupaj zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 2.484 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 10.796 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 1. 8. 2021 do 8. 8. 2021

Poročilo IMI za teden 2. 8. 2021 do 8. 8. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.