Za človeka škodljiva nitrat in nitrit se nahajata tudi v pitni vodi, kamor prehajata v večini primerov iz podzemne vode, ki predstavlja 90 % pitne vode v Sloveniji. Ker velik del podtalnice leži na območju, kjer poteka intenzivna kmetijska proizvodnja (kot sta npr. Dravska in Murska kotlina), lahko pride do problema onesnaženja podtalnice z nitrati,
Okoljsko učinkovita kmetijska pridelava koruze in pšenice na vodovarstvenih območjih